ปัจจุบัน กระทรวงศึกษาธิการได้ประกาศกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง กำหนดเขตพื้นที่การศึกษา ลงวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ.2556 ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง ปรับปรุงแก้ไขการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษา และกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาเพิ่มเติม พ.ศ.2550 ลงวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ.2550 และประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง ปรับปรุงแก้ไขการกำหนดเขตพื้นที่การศึกษา และกำหนดเขตพื้นที่การศึกษาเพิ่มเติม พ.ศ.2551 ลงวันที่ 14 มกราคม พ.ศ.2551 โดยอาศัยอำนาจตามพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542 และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2546 บัดนี้ได้มีการแก้ไขเพิ่มเติมพระราชบัญญัติการศึกษาแห่งชาติ (ฉบับที่ 3) พ.ศ.2553 และพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2553 กำหนดให้มีเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา และเขตพื้นที่การศึกษามัธยมศึกษา ได้กำหนดและแก้ไขเปลี่ยนแปลงเขตพื้นที่การศึกษาและสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา เป็นเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา และสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสตูล จึงเปลี่ยนชื่อเป็น สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูล ดูแลรับผิดชอบการศึกษาระดับก่อนประถมศึกษา ประถมศึกษา และมัธยมศึกษาในโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา และได้มีการแบ่งส่วนราชการตามประกาศกระทรวงศึกษาธิการ ลงวันที่ 13 กันยายน 2553 เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา พ.ศ. 2553 ข้อ 4 และราชกิจจานุเบกษาลงวันที่ 30 พฤศจิกายน 2553 ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษา (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2553

ให้แบ่งส่วนราชการสำนักงานเขต ดังต่อไปนี้
1) กลุ่มอำนวยการ
2) กลุ่มนโยบายและแผน
3) กลุ่มส่งเสริมการศึกษาทางไกล เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
4) กลุ่มบริหารงานการเงินและสินทรัพย์
5) กลุ่มบริหารงานบุคคล
6) กลุ่มพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษา
7) กลุ่มนิเทศ ติดตาม และประเมินผลการดำเนินงาน
8) กลุ่มส่งเสริมการจัดการศึกษา
9) หน่วยตรวจสอบภายใน
10) กลุ่มกฎหมายและคดี

ต่อมาในวันที่ 7 กันยายน 2561 ได้มีประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2561 ตั้งกลุ่มกฎหมายและคดี ในสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาเพื่อสนองนโยบายของรัฐด้านการป้องกันและปราบปรามการทุจริต และประพฤติมิชอบในระบบราชการและสนับสนุนระบบงานกฎหมายและคดีของรัฐให้มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น

สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสตูล ได้จัดรูปแบบการบริหารจัดการศึกษา โดยแบ่งโรงเรียนออกเป็นศูนย์เครือข่ายสถานศึกษา รวมทั้งสิ้น 16 ศูนย์เครือข่าย ดังนี้
1) ศูนย์เครือข่ายสันหลังมังกร
2) ศูนย์เครือข่ายเมืองสตูล
3) ศูนย์เครือข่ายพญาบังสา
4) ศูนย์เครือข่ายชัยพัฒน์
5) ศูนย์เครือข่ายควนโดน
6) ศูนย์เครือข่ายดอกกาหลง
7) ศูนย์เครือข่ายทุ่งนุ้ยสัมพันธ์
8) ศูนย์เครือข่ายบาราเกต
9) ศูนย์เครือข่ายไผ่สีทอง
10) ศูนย์เครือข่ายทุ่งหว้าอันดามัน
11) ศูนย์เครือข่ายสุไหงอุเปสเตโกดอน
12) ศูนย์เครือข่ายมะนัง
13) ศูนย์เครือข่ายภูผาวารี
14) ศูนย์เครือข่ายปากน้ำแหลมสน
15) ศูนย์เครือข่ายเสมากำแพง
16) ศูนย์เครือข่ายละงู